Wiss. Mitarbeiter/in (d/m/w) - 65 % Arbeitszeit
Berlin, Germany · Fakultät III - Prozesswissenschaften, Institut für Biotechnologie / FG Bioanalytik
- Posted
- 20 October 2026 (2 weeks ago)
- Deadline
- Not specified
- Department
- Fakultät III - Prozesswissenschaften, Institut für Biotechnologie / FG Bioanalytik
- Category
- Scientific Staff
- Employment type
- Not specified
- Language
- Not specified
Summary
Kultivierung humaner Zellen und In-cell-Crosslinking unter basalen und veränderten Bedingungen (z. B. Wirkstoffbehandlung, Stress) Optimierung und Benchmarking chemischer und photoaktivierbarer Crosslinking-Reagenzien hinsichtlich Effizienz, Membrangängigkeit und biologischer Aussagekraft Kopplung des Crosslinkings mit subzellulärer Fraktionierung (Zytosol, Zellkern, Membranen) zur Anreicherung kompartimentspezifischer Proteinkomplexe Probenvorbereitung für proteomweite Crosslinking-MS (Verdau, Anreicherung, mehrdimensionale Fraktionierung) sowie LC-MS/MS-Messungen (Orbitrap, Astral) Datenauswertung mit xiSEARCH/xiFDR und Mitarbeit an der Verbesserung von Spektrenzuordnung und Fehlerabschätzung (FDR), u. a. durch systematische Untersuchung von - Artefakten wie nicht-kovalent assoziierten Peptidpaaren Validierung der Crosslink-Daten an bekannten Komplexen und Abgleich mit CF-MS- und AP-MS-Daten der Projektpartner; Aufbereitung als Distanz-Restraints für die Strukturmodellierung Enge Zusammenarbeit im internationalen Konsortium, offene Bereitstellung von Daten und Protokollen (EMBL-EBI/PRIDE), Präsentation und Publikation der Ergebnisse Die Möglichkeit zur Promotion ist gegeben
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